十月十日上午，國賓館大門外的滿洲和平統一協議書的簽字儀式，雖然湯若望的天主教傳教團沒有參加，可是，近在咫尺，哪裏會不知道。
湯若望就召開天主教傳教團開會，對大順的要求進行商量。
湯若望說：“各位傳教士同仁，大順皇帝把我們招來，上次我們就懷疑有可能像明朝的時候，由於朝中的各位大臣反對，要禁止天主教。現在我們來到長安，大順朝廷也有反對天主教，要求禁止天主教的呼聲。不過，看來皇帝在禁止和允許之間。拋給我們一個難題。就是要我們協助大順建立大學。要我們到西方各國去物色教授，協助設立各個學科。還有代爲採購機器，購買科技的書籍。要宣傳大順希望西方各國來做生意。並以此要挾我們。達得到就允許傳教，達不到，就要禁止傳教。請各位同仁發表意見。”
龐華民說：“我們是來傳教的。傳教就是我們神聖的使命，一切服從於傳教的大目的。雖然大順皇帝以此來要挾，我們也只能夠同意了。只是看耶穌會同意不同意了。”
羅如望說：“這個大順，在李自成當皇帝的時候，部隊還很弱，被滿清打得大敗。自從李巖出兵固關，就一改先前的敗像，反而把女真人進入山海關的全部軍隊消滅了，把投降清軍的漢族軍隊消滅了，還自己當了皇帝。現在蒙古已經與大順簽訂了和平統一協議書。與滿洲也簽訂了協議書。只是他們的兵還沒有去佔領這兩個地方。一旦統一，大順就比西蒙古、南明強大了。統一天下，就是統一中國曆來的疆土，對大順就是很容易的事情。明朝平定女真叛亂，搞了幾十年，這個李巖幾個月就完成了。”
“如果我們被大順禁止傳教，現在大順的地方我們不能傳教，如果他們統一了天下，南方的十來個省也不能傳教，西蒙古也不能傳教。還有，每遇到中國強大，周圍的國家就會成爲中國的聯邦，成爲中國的附屬國。這些大順的附屬國也就可能我們也不能傳教。我們原來的成績就沒有了。幾代傳教士的努力就會前功盡棄。這是多麼危險的事情。”
陽瑪諾說：“羅教士分析得對。我們現在在大順的失敗，今後就會帶來連鎖反映，一敗俱敗。雖然大順要挾我們，我們覺得難爲情。實際想起來，大順的要求，我們很容易達到。在西方去物色飽學之士，大順又答應待遇比西方各國高。我看是請得來的！他們的花費我們找大順付出來，就可以作爲我們傳教的開支。多來一些人，就可以增加我們傳教的力量。”
艾儒略說：“你們幾位都分析得對，我們應該向耶穌會報告清楚，指出厲害關係。辦到大順朝廷的要求。爭取天主教在東方大發展。”
湯若望說：“大順內閣已經來向我通知，今天下午研究簽署協議書。我看我們的傳教士都沒有反對。也提了一些很好的意見。我們就按大順皇帝的要求，滿足協助大順建立大學的要求。協議簽署後，就向天主教耶穌會做詳細的報告。爭取達到大順皇帝的要求。”
下午，宋獻策就派了兩個人到國賓館去請傳教團來內閣談判。
湯若望一行到了大順內閣，被讓到了一排桌子前面坐下來，他們五人在客座上坐下。宋獻策坐在對面居中，左邊坐着李大亮，右邊坐着顧君恩。
宋獻策首先講話：“尊敬的湯若望先生，尊敬的各位傳教士。我們奉大順皇帝的指示，來與天主教傳教團談判。我們已經起草了一個互助協議書。當然我們是談判，不是我們的要求強加在你們身上，而是我們在談判前，有一個可以商量的話題。”
顧君恩把《互助協議書》草稿雙手遞交給了湯若望。湯若望雙手接過互助協議書，看了一會，上面有七條，寫著：
互助協議書
在中國有‘敬鬼神而遠之’的傳統觀念。在民衆中，在大順的大臣中，有許多人要求停止天主教在大順的傳播。大順皇帝認爲，作爲一些人心靈的寄託，宗教還是具有存在下去的價值。
天主教傳教團爲了獲得大順朝廷傳教的許可，大順朝廷爲了西方國家的科學技術能夠借天主教的橋樑傳到中國，帶動中國科學技術的發展，特簽訂互助協議如下：
一、天主教在大順傳播，必須遵守大順的法律法規。不得挑起宗教與宗教的衝突，不得強迫大順老百姓信教。
二、天主教傳教團同意協助大順建立大學學校，天主教傳教團同意代大順設計大學的各科設置，代大順在西方各國聘請教授。大順也有必要將自己掌握各科先進科技的人員派入大學校執教，減少教授的空缺。
三、在天主教請來教授後，按實際建成的大學數量，協助天主教建立相應的教堂。讓傳教士在一定範圍傳教。
四、鼓勵傳教士利用空閒時間，到大學授課，還要協助大順新的研究項目。
五、鼓勵西方先進科學技術的書籍在大順發行印刷。大順朝廷對特別優秀著作，予以獎勵。
六、耶穌會可以代大順在西方各國購買一些商品。比如先進的機器、先進的武器、新的著作。
七、大順建立的大學的費用由大順自己負責。對請來的教授的薪俸由大順自己負責。大順同意與天主教建立教堂提供便利。
湯若望看完遞給身邊的龐華民，示意他們去看。
湯若望說：“尊敬的宋首相，尊敬的李丞相，尊敬的顧丞相，我們受大順皇帝的召喚，來到了大順的京城長安。首先，我們天主教傳教團要對大順朝廷表示祝賀。女真叛亂，使許多漢族老百姓無辜死亡，對老百姓的財產也大肆搶劫。這是違背了儒家仁者愛人的思想的，也是違背了我們天主教的教義的。總司令，現在的大順皇帝，親臨前線，僅僅用兩三個月的時間，就殲滅了全部清軍，包括投降清軍的漢族軍隊，這是在西方歷史上也少見的偉大勝利。”
“本教士看了互助協議書，這裏要說明的，我們天主教傳教團是十分樂意爲大順朝廷服務的。特別是，能夠幫助大順人民提高生活水平的的事情，我們都是樂意去辦的。建立大學，可以幫助大順提高科學文化水平，可以使大順人民經濟發展，可以提高大順的國力。”
“今天談判後，我們就要簽署這個《互助協議書》，當然，我們需要耶穌教會的批準。我們要盡我們所能，讓這個協議批準。”
湯若望看了看幾個傳教士，他們也已經看完了協議書。湯若望用眼神徵求他們的意見，只見他們都用本國話說：“沒有意見！”
湯若望說：“尊敬的各位丞相，《互助協議書》我們已經看了，合符大順皇帝對我們的聖諭。也合符我們天主教傳教團的利益，我們願意簽署《互助協議書》。”
宋獻策說：“好！我們就按這個文本簽訂協議，簽好的協議，我們要大順皇帝批準，請你們將這個協議送耶穌教會批準。使我們協議的內容儘快落實。”
接着就拿出四份協議文本，大順由三個丞相，傳教團由五位傳教士簽字。內閣留兩份，給傳教團兩份。
晚上，李巖的辦公室，就有了《互助協議書》，李巖批示：“同意，請按協議辦！”
十月十一日，禮部就派人陪同布木布泰（孝莊）到長安城參觀長安的街景。在城外去參觀城外的古蹟，寺廟。長安的特點就是古蹟多。
幾個傳教士就留在國賓館給天主教耶穌會寫報告，報告大順要求傳教團幫助大順建立大學，在西方聘請大學教授的事情。還指出厲害關係,如果不答應這些條件，天主教在中國幾個朝代花的功夫就面臨前功盡棄的險境。因爲大順已經統一了蒙古滿洲。一旦接受了蒙古滿洲這些地方，就可能轉向統一全中國原來所有土地。
上午，李巖皇帝就召開了內閣會議，三個丞相參加，其餘的幾個尚書也全部參加。
在李巖的書房，大臣們三跪九叩，三呼萬歲後，李巖讓大臣們落座。
李巖開始講話：“各位愛卿，我們簽訂了《和平統一蒙古協議書》、簽訂了《和平統一滿洲協議書》，從理論上，我們已經統一了東蒙古，統一了滿洲，獲得了超過我們大順現在的土地面積。不過要知道，我們的部隊還沒有到那些地方，我們統一這兩個地方的任務還沒有完成。”
“我們今天就來考慮解決這些問題。《和平統一蒙古的協議書》我們是通過蒙古的王爺蒙古的軍隊帶回去的。現在《和平統一滿洲的協議書，我們也要帶到滿洲去。大家看用什麼辦法帶過去？
顧君恩說：“我們派使節帶過去。”
李巖說：“朕看，我們不用派使節，使節我們一個要考慮安全問題，二個他們帶過去的消息也受侷限。我們手裏有一萬多女真兵。我們就派一百多，或者二三百女真人回去。他們與我們打過仗，我們要通過他們的口去傳達我們的神威。派回去人只能是少數人，多了，害怕他們被強迫抗拒我們，就這一點人。就是回去，他們編入軍隊，也沒有多大作用。”
“帶回去的文件，一個是《和平統一滿洲協議書》，二個是順治、孝莊的《投降命令》，還有一個，就是以朕的名義寫的消滅全部清軍的《捷報》，讓女真軍隊官員老百姓知道清軍是怎樣被我們打敗的。這些清軍的士兵將軍回去報告，爲什麼打敗仗，他們就知道了，就不會認爲我們是編龍門陣騙他們。”
“每一個地方他們建立官府的派兩個人去。代善那裏派三個認識代善的軍官回去。直接就到北京去選人，那裏有幾千清軍女真人。這個任務由內閣派人去執行。”
宋獻策回答：“臣領旨！”
李巖皇帝說：“除了我們講的三個文件，你們內閣找孝莊皇太後與代善寫一封信，帶回去。要代善認清形勢，不要對抗我們大順朝廷，對抗是沒有好處的。”
“送信這個問題就這樣解決了。還有，我們俘虜了清軍女真人恐怕有二萬多人。延安有幾千人，北京有幾千人，滄州有幾千人，山海關有幾千人，還有各地還有許多人，怎麼解決。”
宋獻策說：“等明年開春，我們出兵山海關，就將他們帶回去。”
李巖笑着說：“朕看不能這樣，我們河南前幾年的災荒，死了不少人，有一些地方，有很多空地方。我們的目的是同化女真族。女真這一次爲了與我們搶天下，全族總動員，據說十歲以上，六十歲以下的男子全部當兵。入關的清軍，就是他們的主力軍，是他們的精壯男子。我們因爲女真人殺我們的人很多，對他們，在戰場上，我們就殺得狠一些。他們死了不少人。沒有死的，我們就在關內河南安排，分到各個鄉鎮，村莊，我們災荒死了人，還有房子，就來安排他們。明年開春，我們要進軍蒙古滿洲，他們的家屬，允許他們入關,與我們安排在河南的他們的家人團聚。”
“他們死了大約十萬女真兵，他們的家屬也有很大一部分。我們在關內召集沒有土地的農民出關，就可以解決一些人沒有家屬的問題。一個村子分開安排幾戶女真人，爭取先就消化女真人一大部分。以後逐年消化。爭取在一代人就消化完女真人。讓他們全部融入漢族。”
“關鍵這兩萬女真人回去，他們又允許娶很多老婆，不知要繁殖多少人。不能讓他們在關外發展，要融入漢族。”
李巖皇帝問：“各位愛卿，還有什麼不同意見？”
丞相和尚書們都表示：“沒有不同意見！”
李巖說：“沒有不同意見！戶部尚書，我們還要拿銀子出來，安排這些人，需要農具。要做漢人，需要漢族衣服。”
戶部尚書說：“沒有問題，我們與每一個人女真人家庭，拿五兩銀子，也才十多萬兩銀子。如果他們回關外，拿兩代人繁殖，就是幾十萬人，他們一旦與漢族發生衝突，就不知要消耗多少銀子？”
李巖皇帝說：“不錯！這就是從全局考慮問題了。”
“現在還有一個問題，就是北京皇宮裏，還有很多宮女、太監，我們怎樣來解決的問題？”
禮部尚書說：“聖上，我們長安皇宮裏沒有多少太監宮女，臣建議把他們接到皇宮來，補充我們皇宮宮女太監的不足。”
李巖搖搖頭。
宋獻策見皇上這樣表態，就接過話來說：“聖上，禮部尚書的意見偏了一點。臣的意見，年輕的宮女太監我們選一些到長安來。其餘的宮女就放了。太監，願意回去的也放人。我們要減少開支，減少宮女的怨恨。”
其他的尚書丞相都表示贊成。
李巖說：“本來首相的建議還是有道理的，不過當皇帝的，不能過分鋪張。我們皇宮就這樣多宮女太監就行了。北京的宮女，鋪蓋、衣服誰穿的歸誰。首飾也基本按這個原則，但太貴重首飾的不能帶走。每人發五兩銀子回家。路上的開支我們朝廷負責。關鍵是明朝的宮女，有很多是南方人。我們讓她們自己選男人，現在也一併遣散了。太監，願意自己回去的，也允許回家。對年紀在四十歲以上的宮女發十兩銀子。太監回家的，也發十兩銀子。”
禮部尚書問：“皇上，一般前朝的皇宮，不用的都要燒燬。我們怎樣處理明朝的皇宮呢？”
李巖說：“先皇帝離開北京城，燒房子就是錯誤的。我們不能犯這樣的錯誤。明朝的皇宮，是我們朝廷的財產。不用也留在那裏。留那些老太監在那裏看着。我們需要的東西可以搬一些到長安來。燒房子容易建房子難啊！北京的房子比較多，凡是各部的房子、明朝王爺的房子，都是我們的財產。以後可以安排那些侯爺男爵居住。朝廷就可以少花錢。還有我們一些將軍也可以居住。戶部要派人去清理財產，不要被人佔去了。”
禮部尚書說：“聖上，明朝朝廷的典籍,我們作爲首都，恐怕要搬到京城來吧！”
李巖說：“這個建議很好。我們要建立一個圖書館。不過，也不要全部搬來，書籍要保護好。我們也需要好的文化傳承！”